학부모 단체에서는 교육부가 말한 의견 수렴 과정이 요식행위로 전락할 수 있다며 목소리를 높였다. 최은순 참교육학부모회장은 "역사교과서 연구학교 문제는 국민적 반발이 큰 사안이므로 반드시 학운위 심의를 거쳐 여러 분야의 의견을 수렴하는게 맞다"며 "이 마저도 무시하고 일부 학교장이나 법인이 자신의 이해관계에 따라 독단적으로 연구학교 신청을 추진한다면 피해는 고스란히 학생에게 돌아올 것"이라고 비판했다.