2014년 4월 2일 우리 회는 감사원에 2014년 재지정평가를 받는 25개 자사고에 대한 교육부와 11개 시·도 교육청의 예산지원 전반 및 자사고에 대한 예산 지원의 위법성 및 적절성에 관하여 감사 청구를 하였다.

국회에 제공한 교육부 자료와 언론보도에 따르면 자율형사립고는 법령을 위반하여 예산을 지원받고 있다. 이는 애초 자사고 도입 배경인 일반학교에 대한 재정지원 확대취지에도 어긋나는 것으로 교육과정운영자율권·학생선발권·일반학교 3배 수업료 등 자사고가 다양한 특혜도 받고, 법적 의무로 명시된 재정자립을 위반한 것이다. 교육부, 교육청은 자사고로 하여금 재산상 이득을 취득하게 하여 일반고에 손해를 끼쳤다. 또한 자사고는 재정자립에 대한 최소한의 법적 의무도 이행하지 않았다. 예산집행에 있어서 교육부와 교육청이 위법행위가 있었음에도 자의적인 해명자료를 배포하는 등 이를 축소·은폐하려 하고 있다.

이에 감사원이 교육부와 교육청 및 25개 자사고의 예산집행 위법성과 적절성을 감사해줄 것을 청구하였다.